手动和自动三坐标测量机其实区别不大，简单地说，自动三坐标测量机适宜用在边界明显的，容易识别且常用的测试中，通过预存的程序进行自动测试；而手动的三坐标测量机则除了边界明显的样品外，也可以用于测试一些边界模糊的样品，通过人的辨别，选取坐标点来测试样品，因为要通过人来识别和移动坐标所以手动的测试一般比自动要慢，但是适用的范围会更大一些。具体来讲，手动三坐标测量机和自动三坐标测量机的区别主要体现在以下几个方面，
    1、量程上的区别：由于手动三坐标测量机没有控制系统，不方便操作，三坐标测量机厂家一般只有500*600*400MM和700*1000*600MM两个量程的手动三坐标测量机，型号比较单一。自动三坐标测量机则型号比较灵活多样，564型的，686型的，800MM量程的，1200MM量程的，1.5米以上量程的，3米量程的，5米量程的等等。根据检测的工件需要可以定制更多样行程的测量机。
    2、配置上的区别：一般手动三坐标机没有配备运动控制系统，测量软件包也是相对简单的三坐标软件测量系统。自动三坐标测量机一般配以国际品牌高性能三坐标专用控制系统，以及具有水平的具有自主知识产权的AC—DMIS测量软件包，功能多样。
    3、测量精度上的区别：手动三坐标机的测量精度远低于自动三坐标机的检测精度。手动三坐标机由于是纯手动操作，所以随机误差远远大于自动三坐标机。一般量程的测量机500*600*400MM的纯手动精度一般3.0UM以外，而自动三坐标测量机564型的精度一般在3UM以内，所以精度上要相差一个等级。
    4、检测效率上的区别：自动三坐标测量机能为使用者提供更快速和正确的尺寸检验，并且可将检测产品零件设计的数据库输入到计算机控制的三坐标测量机编辑成检验程序。自动三坐标机与计算计辅助设计软件CAD，IGS，PROE等软件系统间相互转换，在制造整合系统和自动化领域，具有的管制能力和实用性。测量路径可事先在CAD图面上进行规划并模拟动作，确认后此测量路径即可转成DMIS格式输出至测量机上检测使用。这使得测量机有速度、准确度、节省劳力及系统整合的优点。许多手动三坐标测量机使用者均改用自动的三坐标测量机，并发现改用自动 三坐标测量机后，成本控制变得非常容易。而且时间缩短为十分之一，并且保证重复性及准确度。自动三坐标测量机通过编程对批量工件进行大量检测，所以相比手动三坐标测量机而言，检测效率大大提高。汽配主要厂家所通常使用的AC-DMIS三坐标测量软件可以自动导入导出CAD模块，使自动化测量更快捷精准。AC-DMIS三坐标测量专用软件并且允许三坐标机测量复杂的工件和拥有专用软件，如可做轮廓测量、扫描式测量、数字式测量和齿轮测量，叶片测量，涡轮蜗杆测量，凸轮评定，统计与质量分析等，使自动三坐标测量机的应用领域更广泛。