接触式三坐标测量的主要缺点有：
(1) 为了确定测量基准点需使用特殊的夹具，这会导致较高的测量费用。不同形状的产品会造成原来的夹具不适用而使成本增加。
(2) 球形测头容易因接触力造成磨损，所以，为了维持一定的精度，需要经常校正球形测头的直径。
(3) 不当的操作容易损害被测件某些重要部位的表面精度，也会使测头损坏。
(4) 接触式触发测头是以逐点进出方式进行测量的，所以测量速度慢。
(5) 检测一些内部元件有先天的限制，如测量内圆直径，触发测头的直径必定要小于被测内圆直径，被测件内部不易测量处是测量的死角。
(6) 对三维曲面的测量，因传统触发式测头是感应元件，测量到的点是测头的球心位置，故欲求得物体真实外形则需要对调头半径进行补偿，因而可能会导致修正误差的问题。计算比较繁琐，同时这也是测量误差的来源之一。
(7) 接触测头在测量时，测头的接触力将使测头尖部分与被测件之间发生局部变形而影响测量值的实际读数。
(8) 测量系统的支撑结构存在静态及动态误差。
(9) 由于测头触发机构的惯性及时间延迟而使测头产生超越(Overshoot)现象，趋近速度会产生动态误差。
(10) 因为接触面积与被测件表面的几何形状有关，即使测量接触力保持一定，测量压力并不能保证一定。